甘肃省疾病预防控制中心(加挂“甘肃省预防医学科学院”的牌子)成立于2001年8月，是由原省卫生防疫站、省劳动卫生职业病防治研究所、省结核病防治所、省地方病防治研究所和省放射卫生防护监督检测所5个疾病预防控制机构归并重组而成。
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望江县疾病预防控制中心于2005年6月经县机构编制委员会批准成立，是县政府设立的实施国家疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益性事业单位,中心遵循预防为主的工作方针,应用预防医学理论和技术,开展疾病预防控制、疫情收集与报告、监测检验与评价、健康教育与促进、突发公共卫生事件处置等工作。
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中国疾病预防控制中心麻风病控制中心（以下简称“麻风中心”）座落在江苏省南京市紫金山北麓，前身为1954年在北京成立的“中央皮肤性病研究所”（即现在的“中国医学科学院中国协和医科大学皮肤病医院（研究所）”，以下简称“医科院皮研所”），直属卫生部领导，重点承担指导全国性病防治任务。
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东莞市疾病预防控制中心是在原东莞市卫生防疫站的基础上于2002年12月重新组建的副处级事业单位，并增挂东莞市卫生检验中心和东莞市健康教育所牌子。
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大连市疾病预防控制中心是在卫生体制改革中于2002年2月6日在原大连市卫生防疫站、市劳动卫生研究所、市健康教育中心的基础上组建的新型综合性疾病预防控制机构，担负着疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的七大职能。
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开平市疾病预防控制中心是全市疾病预防控制、卫生监督检验、预防性诊疗服务的技术指导中心，担负全市辖区68万人口的传染病防治、计划免疫、地方病防治、公共卫生、学校卫生、职业卫生、卫生检测、疾病监测、消毒杀虫、健康教育、预防性健康体检等工作。
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沈阳市疾病预防控制中心是在原沈阳市卫生防疫站基础上组建的。沈阳市卫生防疫站成立于1952年，是全国最早建立的市级卫生防疫站机构之一，1998年成为全国省会市级一等站。2002年1月经机构重组，沈阳市疾病预防控制中心成立。
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武汉市疾病预防控制中心是负责武汉地区疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导的公益性事业单位。
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2002年6月7日，卫生部批准中国疾病预防控制中心下设精神卫生中心，设在北京大学精神卫生研究所。2002年10月30日，中国疾病预防控制中心精神卫生中心在北京大学精神卫生研究所正式挂牌。
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